清、俄、日联军司令部宣布在上海成立，袁世凯任司令长官，格罗杰科、山县有朋任副司令。
刚刚当上联军司令长官的袁世凯就发现了一个异常情况：日本联合舰队第一舰队司令坪井航三率领的四条军舰，在完成护送运兵船的任务后并没有回国，而是在吴淞口驻扎了下来，还经常派兵到江面上巡逻。为了弄清楚这到底是怎么回事，袁世凯约见山县有朋，问道：“山县将军！贵国向我国递交的文件里没有说要派海军来我国，为什么你们日本国的军舰会在我们的海域？”
山县有朋说：“袁将军！我们日本国的军舰是暂时停留在这里，有什么问题吗？”
袁世凯说：“你们的军舰来这里，与签署的文件上写的不一样，等于没有经过我们国家的允许擅自进入我国的海域，请山县将军解释一下！”
山县有朋回答：“袁将军！贵国最精锐的海军北洋水师已经归顺唐军，每天都在长江里游弋，而贵国的南洋水师实力远不及北洋水师，根本无法为我国的运兵船提供有效保护，所以日本国派军舰对运兵船进行保护才来这里的，请你谅解！”
袁世凯不高兴的质问：“你们派军舰保护运兵船无可厚非，但现在贵军已经全部登陆，护航的任务已经完成，贵军的舰船为何没有离开？”
山县有朋仍然和颜悦色的回答：“天皇陛下考虑到贵国海军实力较弱，无法与唐军抗衡，故任命联合舰队第一舰队司令坪井航三为援华派遣军副司令，率领吉野、浪速、秋津洲、高千穗四艘战舰加入援华派遣军作战序列，以加强联军的水面作战力量，此四舰在大东沟海战中作战勇敢，功勋卓著，此次再来贵国，必能大败唐军于长江之中。”
袁世凯听到山县有朋提到了让北洋水师损失惨重的大东沟海战，更为不悦，说道：“这就是你们日本国言而无信的借口吗？”
山县有朋仍然笑嘻嘻的说：“袁将军！我们日本国历来信守承诺，如果将军不希望日本国军舰来帮助，我可以让他们退到外海去，或者让他们回国，将军想怎么办？”
袁世凯想了想，如果日本军舰参加助战，可以增加胜利的可能，虽然协议上没有，既然来了，就默许他们加入到日本援华军里，于是提醒说：“山县将军，恕我直言，唐峰的政府和德国人建交，而且唐军擅长在战斗中发挥火力优势，舰队的炮弹肯定很充足，当年的北洋水师不能与今日的唐军舰队相提并论。更重要的是唐军有一种会飞的怪异武器可以从天上发射炸弹，贵军军舰要多加小心啊！”
山县有朋发现袁世凯态度缓和了，知道他已经默许日本军舰进入中国了，心里暗暗高兴，说：“袁将军！日本军队包括军舰随时听从你的调遣！”
山县有朋走后，袁世凯派人叫来南洋水师提督李成谋和陆军将领段祺瑞，命令他们秘密派出军队向日本军队的驻地布置警戒，一旦发现异常情况立即报告。
三国联军在既合作又互有提防的情况下，准备迎击雷霆纵队的进攻。两天后，联军内部又发生了一件让袁世凯头疼的事情，事情的原委是这样的，几个日本兵到乡间游荡，抢走了村民家里的鸡鸭，一个村民上前阻拦竟被他们开枪打死，日本兵还到村民家里强奸一个姑娘，日本兵走后，姑娘含恨自杀。日本人的行径激起民愤，村民抬着尸体进城去找袁世凯告状，喊着：“杀人偿命，日本兵滚出中国去！”。
村民们来到联军司令部门前停了下来，继续高呼口号。卫兵见状赶紧上前询问情况，村民们讲述了事情的经过，求见袁世凯。袁世凯收到报告后，亲自出来安抚民众。他说道：“乡亲们，你们的心情我能够理解，给我三天时间，你们先回去，袁某一定给大家一个交代。”
告状的村民走后，袁世凯立即派人请来山县有朋，给他讲了事情的经过，然后生气的问道：“山县将军，你给我讲清楚这到底是怎么回事？”
山县有朋回答：“袁将军，这件事我也是刚刚知道，这件事情我查清楚了，是第一联队的五个士兵干的，应该给予处罚，我把他们带来了，司令长官看怎么处罚他们！”
袁世凯说道：“来人，把这几个胡作非为的日本兵拖出去杀了！”一声令下，几个清军士兵冲过去，抓住几名日军往外拖，日本兵“哇哇”直叫，不知道说的什么？
山县有朋见状看着袁世凯说道：“将军且慢！”
袁世凯疑惑的问道：“山县将军你说让我处罚，按我国军法，违反军纪者就地正法理所当然，山县将军为何阻拦？”
山县有朋说道：“袁将军！我军劳师远征，帮助贵国平定叛乱，现在还未开战，袁将军就下令处决我的士兵，唯恐军心动摇，不利于联军的团结，对下一步迎击唐军的作战也没有好处，请将军阁下网开一面，放他们一条生路，让他们在战场上戴罪立功来抵消惩罚，不是更好吗？”
袁世凯本想执法如山，处决胡作非为的日军，以防日军日后再惹祸。但转念一想，在国家发生叛乱的时候，日本派兵相助，现在还未开战就和日军闹得很僵，一旦唐军得到消息，很有可能趁虚而入。就问道：“违法犯罪一定要处罚，山县将军打算怎么处罚才能平民愤？”
山县有朋答：“只要不杀，任凭袁将军处置！”
袁世凯说：“先押起来，等村民来了，当着他们的面，每人打四十军棍，以示惩戒！”
告状的村民们按约定时间，来到联军司令部门前，袁世凯下令将五个胡作非为的日军士兵拖出来，让他们跪在地上，当着村民们的面重打四十军棍，但村民们认为袁世凯袒护日军，要求处决杀人凶手，袁世凯解释了半天，村民们还是要求杀人偿命。
山县有朋见状，命令日军对天放枪，驱散民众，村民才很不情愿的散去。
这些情况被潜伏在上海的雷霆纵队特工发现了，他们立即用加密电报向总部报告情况。
沈梦熙拿到电报后，立即送给唐峰：“报告总司令！出大事儿了，你看上海特工密电！”
唐峰接过电报看到，报告总部，日军、俄军、清军在上海成立联合司令部，袁世凯任司令长官，格罗杰科、山县有朋任副司令，所辖部队包括清军袁世凯部，俄国援华军，日本援华派遣军，水面作战力量为清军南洋水师。还有未经允许进入中国海域的四艘军舰。另由于日军胡作非为引发民众游行，被日军鸣枪驱散。
唐峰看完之后，签发了意见：今闻上海发生反日游行事件，被日军鸣枪驱散，《兴华日报》要揭露清政府引狼入室的真实面目。写完之后交给沈梦熙用加密电报发给《兴华日报》社。
《兴华日报》总编辑王林接到命令后，立即组织有关人员撰写文章，编辑印刷发行报纸，王林给坐镇徐州督战的唐峰发去电报：报告司令文章已见报，下一步会跟进报到进展情况。
唐峰看到《兴华日报》头版大标题：日军在上海胡作非为，引发民众抗议游行。下面是该事件的概况介绍。在报纸的第二版刊登了一篇《评上海事件》文章写道：日军打着援助清政府的旗号进入中国，但日军骚扰我国民众，且鸣枪驱散游行民众，其强盗嘴脸暴露无遗。袁世凯作为清军驻上海最高指挥官，不但不为民作主，反而袒护日军，清政府面对外国人时软弱无能，只会国无宁日、民不聊生。广大人民群众要团结起来，把日本人赶出去，推翻腐朽的封建王朝。
唐峰对陈江说：“请李鸿章来见我！”
李鸿章走进唐峰的办公室。唐峰把电报递给他说：“李部长请看看报纸！”
李鸿章看完之后说道：“委员长有何吩咐？”
唐峰说道：“我想了解一些南洋水师的情况！”
李鸿章说：“南洋水师成立于光绪元年（1875年），提督衙门（舰队司令部）驻金陵城，现任提督为李成谋，舰队旗舰为开济号巡洋舰。”
唐峰问道：“开济舰也和定远舰、镇远舰一样，是德制铁甲巡洋舰吗？”
李鸿章回答：“委员长！大清帝国一共有两艘德制铁甲巡洋舰，分别是定远舰和镇远舰。开济舰只不过是江南制造总局建造的一艘无防护巡洋舰而已。南洋水师没有排水量在三千吨以上的军舰，他们根本就无法与刘司令（刘步蟾）率领的我军舰队抗衡，委员长不必担心。”
唐峰说：“我知道了，您先回去吧！”
临时政府国防委员会发布了《向长江以南进军的命令》。命令说，清朝政府勾结日本人、俄国人成立联军部队，企图依据长江天险顽抗到底，但是，无论他们使出什么招数，也抵挡不住历史车轮的碾压，雷霆纵队以雷霆万钧之力，不惜任何代价，以迅雷不及掩耳之势突破敌军的长江防线。直捣金陵城，生擒光绪帝。把清政府和俄国及日本人联军干净彻底地消灭掉。推翻封建腐朽的清政府。
清晨，长江北岸的雷霆纵队第一舰队旗舰定远舰上一片忙碌的景象，战士们在军官地指挥下，做着开战前的准备工作。雷霆纵队第一舰队司令员刘步蟾亲自来到舰桥，等待进攻的命令。
进攻的时刻到了，刘步蟾从望远镜里看到了三颗红色信号弹，（这是进攻开始的信号）他右手用力地向下一挥：“传令下去各舰以定远舰、镇远舰为中心，摆成人字队形，航速十节，向南岸发起冲击，通知枪炮官，舰首三零五（三百零五毫米）主炮一发试射，开炮！”卫兵通过传声筒将命令传达下去，定远舰将打响长江攻防战的第一炮。
一发炮弹带着尖利的啸音飞出炮膛。其他各舰也相继开炮，与此同时，长江北岸的雷霆纵队炮兵阵地也开火了，一枚枚炮弹向着长江南岸飞去。有的击中了对岸的防御工事，有的击中了敌军的舰船，水里激起一股股几十米高的水柱。在如此强大的火力掩护下，雷霆纵队的步兵每六十人一组，搭乘木船向长江南岸发起进攻。
面对雷霆纵队的猛烈进攻，联军自然不会坐以待毙，袁世凯一面下令联军炮兵开炮还击，压制雷霆纵队的火力，一面下令海军对正在渡江的雷霆纵队船队发起攻击，联军舰队兵分两路：一路由日本联合舰队第一舰队队的四艘战舰及南洋水师的三艘主力战舰组成，以日本军舰吉野号为旗舰，由坪井航三指挥，利用舰船航速快，装备有速射炮的优势，向雷霆纵队舰队发动正面进攻，以吸引雷霆纵队舰队的火力。另一路以开济号为旗舰，由李成谋指挥，向雷霆纵队的木制运兵船发动进攻。
福远舰上的瞭望兵就发现了联军舰队的动向，立即向舰长报告，舰长下令：“发旗语向定远舰报告！”定远舰上的瞭望兵看到旗语后，向刘步蟾报告说：“司令，福远舰瞭望兵报告，敌舰已经出动，共七艘，旗舰酷似当年在大东沟逞凶的日本军舰吉野号！”
刘步蟾说：“不是冤家不聚头，传我命令，各舰集中火力，攻击吉野号，要把它打沉，为在大东沟战死的弟兄们报仇！”瞭望兵立即发出了旗语，命令各舰集中火力攻击吉野，并发出旗语，请求长江北岸的炮兵提供火力支援。
在这种情况下，吉野号成了众矢之的，一颗颗炮弹向着它飞去，一股股水柱在它周围升腾起来。东乡平八郎（日本军舰浪速号舰长）发现吉野号成了众矢之的，赶紧指挥浪速号去营救。
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